Ngoài các liên kết đào tạo và nghiên cứu với các đơn vị trong Đại học Quốc gia Hà Nội, Khoa Nhân học và Tôn giáo học thiết lập quan hệ với nhiều đơn vị đào tạo, nghiên cứu và các tổ chức ở trong và ngoài nước. Nổi bật trong đó là sự hỗ trợ, hợp tác của Quỹ Ford và Quỹ Nhân học toàn cầu Wenner-Gren với Khoa trong xây dựng, đổi mới hệ thống chương trình đào tạo và nâng cao năng lực nghiên cứu, giảng dạy của đội ngũ giảng viên.
Ngoài những sinh hoạt khoa học thường kỳ, Khoa tổ chức các sự kiện khoa học quốc tế, kết nối và quy tụ các chuyên gia có uy tín ở trong nước và nước ngoài thảo luận nhiều vấn đề quan trọng của ngành, xã hội Việt Nam và các quốc gia trong khu vực. Một số diễn đàn nổi bật gồm:
- 2015: Phối hợp với Viện Văn hóa - Xã hội thuộc Đại học Tây Sydney, Australia, tổ chức hội thảo quốc tế “Biến đổi Văn hóa - Xã hội ở khu vực đô thị trong quá trình toàn cầu hóa và hiện đại hóa”.
- 2015: Phối hợp với Hội Dân tộc học và Nhân học Việt Nam, Viện Dân tộc học, Bảo tàng Nguyễn Văn Huyên, tổ chức hội thảo quốc tế “Nhân học ở Việt Nam: Lịch sử, hiện trạng và triển vọng” do Wenner-Gren Foundation tài trợ.
- 2016: Phối hợp với UNESCO Việt Nam tổ chức hội thảo quốc tế “Các nguồn lực văn hóa cho phát triển bền vững: Lý luận, thực tiễn và các giải pháp chính sách” do Wenner-Gren Foundation tài trợ.
- 2017: Tổ chức tọa đàm khoa học quốc tế Những ảnh hưởng và dấu ấn của dân tộc Xô-viết trong Nhân học ở Việt Nam” do Wenner-Gren Foundation tài trợ.
- Tiếp tục duy trì, phát triển và mở rộng các mối quan hệ hợp tác trong nghiên cứu, đào tạo và tư vấn chính sách tôn giáo và dân tộc đối với các đối tác hiện có, đồng thời mở rộng hơn nữa với các đối tác khu vực và quốc tế.
Từ khi mới thành lập đến nay, Khoa đã tiến hành hợp tác chặt chẽ với các ban, ngành quản lý Nhà nước trong lĩnh vực tôn giáo, các viện nghiên cứu, các trường và các tổ chức giáo hội của các tôn giáo để cùng liên kết đào đào tạo và tổ chức hội thảo nghiên cứu khoa học. Bộ môn đã và đang tiến hành các dự án hợp tác tiêu biểu sau:
- Hoàn thành dự án hợp tác với Giáo hội Phật giáo Việt Nam, UBTWMTTQ Việt Nam, tổ chức hội thảo “Phát huy vai trò của Phật giáo tham gia xã hội hóa công tác xã hội từ thiện”.
- Hoàn dự án Tổ chức Hội thảo khoa học phối hợp với Hội thánh Tin Lành Việt Nam miền Bắc tổ chức kỷ niệm 500 Hội thành Tin Lành Việt Nam.
- Hoàn thành dự án phối hợp với Uỷ ban đoàn kết Công giáo và UBMTTQVN tổ chức hội thảo khoa học: “Phát huy vai trò của UBĐKCG Việt Nam trong tình hình mới”.
- Hoàn thành dự án hợp tác với Học viện Phật giáo Nam tông Khmer tổ chức hội thảo Khoa học “Đào tạo tăng tài và nguồn nhân lực của đồng bào dân tộc Khmer Nam bộ tại học viện Phật giáo Nam tông Khmer: Nhiệm vụ và giải pháp”.
- Phối hợp cùng Trung tâm Nghiên cứu Nữ giới, Viện Nghiên cứu Phật học Việt Nam tổ chức hội thảo “Tinh thần nhập thế của Nữ giới Phật giáo Việt Nam”. …
- Phối hợp với các đơn vị như học viện Phật giáo Nam tông Khmer, trường Trung cấp Phật học các tỉnh tổ chức các khoá đào tạo chương trình Cử nhân, Thạc sĩ Tôn giáo học.
Khoa từng bước phát triển theo chiều sâu các quan hệ hợp tác với một số đơn vị đào tạo và nghiên cứu có chuyên môn về Nhân học và Tôn giáo học trong và ngoài trường như:
- Khoa Chính trị, Khoa Việt Nam học, Đông Phương học, Khoa Triết học, Trung tâm Nghiên cứu Tôn giáo đương đại… Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN.
- Học viện Báo chí và Tuyên truyền.
- Viện Nghiên cứu Tôn giáo.
- Học viện Khoa học xã hội Việt Nam.
- Trường Đại học Nội vụ Hà Nội.
- Viện Dân tộc học
- Viện Xã hội học
- Viện Triết học
- Học viện chính trị Quốc gia Hồ Chí Minh.
- Ban Tôn giáo Chính phủ.
- Học viện An ninh Nhân dân.
- Học viện Cảnh sát Nhân dân.
- Quỹ Ford, MISSIO.
- Đại học Đông Carolina, Mỹ (East Carolina University – Religious studie).
- Trường Đại học Tổng hợp hữu nghị các dân tộc Nga.