Tiền thân của công đoàn Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn là Công đoàn Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội. Cùng với sự thành lập Đảng bộ Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội, tổ chức Công đoàn Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội được thành lập vào tháng 7 năm 1958. Ban chấp hành Công đoàn lâm thời đầu tiên được Đảng uỷ chỉ định, Chánh thư ký Công đoàn là đồng chí Phó Đức Tố (cán bộ Khoa Toán học). Đây là đồng chí Chủ tịch Công đoàn đầu tiên của Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội.
Ngày 10 tháng 12 năm 1993, Thủ tướng Chính phủ ký Nghị định số 97/CP thành lập Đại học Quốc gia Hà Nội. Tại Nghị định này, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn và Trường Đại học Khoa học Tự nhiên được tách ra trên cơ sở Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội.
Ngày 26-3-1996, Liên đoàn Lao động Thành phố Hà Nội đã ra quyết định số 231/QĐ-TC thành lập Công đoàn cơ sở Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn và Công đoàn cơ sở Trường Đại học Khoa học Tự nhiên. Năm học 1995-1996, Công đoàn Trường Đại học Khoa học Khoa học Xã hội và Nhân văn được chính thức trở thành một tổ chức công đoàn độc lập trong một hệ thống tổ chức mới – Công đoàn Đại học Quốc Gia Hà Nội với chủ tịch công đoàn đầu tiên là đồng chí Đỗ Quang Hưng.
Công đoàn Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn ra đời, là sự kế thừa và phát huy truyền thống của Công đoàn Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội; Là sự tiếp nối của các thế hệ đội ngũ cán bộ lãnh đạo có trình độ chuyên môn, kỹ năng quản lý vững vàng, tràn đầy nhiệt huyết, thẳng thắn, dám nghĩ, dám làm, luôn lắng nghe, chia sẻ và luôn đồng hành cùng cán bộ viên chức của Nhà trường.
Ngay từ những ngày đầu thành lập, Công đoàn Trường đã góp phần đắc lực vào việc giữ vững sự ổn định và phát triển; xây dựng một môi trường giáo dục đậm chất nhân văn, tạo nên không khí đoàn kết giữa các công đoàn viên, giữa các tổ chức công đoàn trong toàn Trường.
Trước những yêu cầu đổi mới và hội nhập, Công đoàn Trường đã không ngừng đổi mới, sáng tạo nội dung, phư­ơng thức hoạt động; các hoạt động ngày càng đi vào chiều sâu, phù hợp với thực tiễn và đối tượng, có sức lôi cuốn, thuyết phục công đoàn viên; thông qua hoạt động đã tập hợp và vận động cán bộ, viên chức tích cực đóng góp công sức và trí tuệ của mình cho sự nghiệp xây dựng và phát triển Nhà Trường ngày vững mạnh, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chuyên môn cũng như nhiệm vụ chính trị trong bối cảnh mới.
Công đoàn Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn là một trong những đơn vị tích cực trong phối hợp và triển khai nhiều hoạt động ý nghĩa trong cụm Công đoàn 5 Trường Đại học lớn khu vực Hà Nội: Đại học Bách khoa Hà Nội, Đại học Kinh tế Quốc dân Hà Nội, Đại học Xây dựng Hà Nội, Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn.

Sau 1/4 thế kỷ hoạt động, trải qua 10 nhiệm kỳ Đại hội với tư cách là một đơn vị thành viên trong Công đoàn Đại học Quốc Gia Hà Nội, Công đoàn Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn đã khẳng định vị thế của mình trong Công đoàn Đại học Quốc Gia Hà Nội, Công đoàn Giáo dục Việt Nam và Liên đoàn Lao động Thành phố Hà Nội.
Cùng với sự phát triển của Nhà trường, tổ chức Công đoàn Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn không ngừng lớn mạnh trên 500 công đoàn viên sinh hoạt tại 19 công đoàn bộ phận, công đoàn Trường liên tục đạt danh hiệu công đoàn cơ sở vững mạnh xuất sắc và được ghi nhận bằng các phần thưởng cao quý của Nhà nước và Tổ chức Công đoàn các cấp trao tặng:
+ Huân chương Lao động hạng Nhì
+ Bằng khen của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam
+ Bằng khen của Công đoàn Giáo dục Việt Nam 
+ Cờ thi đua của Công đoàn Giáo dục Việt Nam
+ Cờ thi đua toàn diện của Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam