Bộ môn Tôn giáo học tiếp tục duy trì, phát triển và mở rộng các mối quan hệ hợp tác trong nghiên cứu, đào tạo và tư vấn chính sách với các đối tác hiện có, đồng thời mở rộng hơn nữa với các đối tác khu vực và quốc tế.
Từ khi mới thành lập đến nay, Bộ môn đã tiến hành hợp tác chặt chẽ với các ban, ngành quản lý Nhà nước trong lĩnh vực tôn giáo, các viện nghiên cứu, các trường và các tổ chức giáo hội của các tôn giáo để cùng liên kết đào đào tạo và tổ chức hội thảo nghiên cứu khoa học. Bộ môn đã và đang tiến hành các dự án hợp tác tiêu biểu sau:
- Hoàn thành dự án hợp tác với Giáo hội Phật giáo Việt Nam, UBTWMTTQ Việt Nam, tổ chức hội thảo “Phát huy vai trò của Phật giáo tham gia xã hội hóa công tác xã hội từ thiện”.
- Hoàn dự án Tổ chức Hội thảo khoa học phối hợp với Hội thánh Tin Lành Việt Nam miền Bắc tổ chức kỷ niệm 500 Hội thành Tin Lành Việt Nam.
- Hoàn thành dự án phối hợp với Uỷ ban đoàn kết Công giáo và UBMTTQVN tổ chức hội thảo khoa học: “Phát huy vai trò của UBĐKCG Việt Nam trong tình hình mới”.
- Hoàn thành dự án hợp tác với Học viện Phật giáo Nam tông Khmer tổ chức hội thảo Khoa học “Đào tạo tăng tài và nguồn nhân lực của đồng bào dân tộc Khmer Nam bộ tại học viện Phật giáo Nam tông Khmer: Nhiệm vụ và giải pháp”.
- Phối hợp cùng Trung tâm Nghiên cứu Nữ giới, Viện Nghiên cứu Phật học Việt Nam tổ chức hội thảo “Tinh thần nhập thế của Nữ giới Phật giáo Việt Nam”. …
- Bộ môn Tôn giáo học phối hợp với các đơn vị như học viện Phật giáo Nam tông Khmer, trường Trung cấp Phật học các tỉnh tổ chức các khoá đào tạo chương trình Cử nhân, Thạc sĩ Tôn giáo học.
Bộ môn từng bước phát triển theo chiều sâu các quan hệ hợp tác với một số đơn vị đào tạo và nghiên cứu có chuyên môn về Tôn giáo học trong và ngoài trường như:
- Khoa Chính trị, Khoa Nhân học, Khoa Việt Nam học, Đông Phương học, Khoa Triết học, Trung tâm Nghiên cứu Tôn giáo đương đại… Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN.
- Học viện Báo chí và Tuyên truyền.
- Viện Nghiên cứu Tôn giáo.
- Học viện Khoa học xã hội Việt Nam.
- Trường Đại học Nội vụ Hà Nội.
- Viện Dân tộc học
- Viện Xã hội học
- Viện Triết học
- Học viện chính trị Quốc gia Hồ Chí Minh.
- Ban Tôn giáo Chính phủ.
- Học viện An ninh Nhân dân.
- Học viện Cảnh sát Nhân dân.
- Quỹ Ford, MISSIO.
- Đại học Đông Carolina, Mỹ (East Carolina University – Religious studie).
- Trường Đại học Tổng hợp hữu nghị các dân tộc Nga.